El 17 de agosto de 1850 falleció en Boulogne-sur-Mer, Francia, el general José de San Martín. Sus restos fueron repatriados en 1880 y depositados en la Catedral de Buenos Aires.
El sábado 17 de agosto de 1850, en Boulogne-sur-Mer, Francia, el general José de San Martín experimentó fuertes dolores de estómago después de almorzar. El médico que lo asistió, el doctor Jordan, decidió quedarse ante la gravedad del cuadro y sugirió a su hija Mercedes que llamara a una hermana de la caridad para asistir al general. San Martín expresó a su hija: “esta es la fatiga de la muerte” y pidió a su yerno que lo llevara a su cama. Falleció a las tres de la tarde.
Félix Frías, amigo del general, llegó a su casa el 18 de agosto y describió el velatorio: “Su rostro conservaba los rasgos pronunciados de su carácter sereno y respetable. Un crucifijo estaba colocado sobre su pecho […] otro en una mesa entre dos velas que ardían. Dos hermanas de caridad rezaban por el alma que abrigó aquel cadáver. Bajé a una pieza interior […] un reloj de cuadro negro colgado en la pared marcaba las horas con un sonido lúgubre, y este reloj se paró aquella noche a las tres, hora en que había expirado el general San Martín. Singular coincidencia, el reloj de bolsillo del mismo general se detuvo también en aquella misma hora de su existencia”.
En su testamento, San Martín prohibió que se le hiciera cualquier tipo de funeral u homenaje. No obstante, pidió que su corazón descansara en Buenos Aires. Tras el embalsamamiento, el cuerpo fue colocado en un sarcófago cuádruple compuesto por dos cajas de plomo, una de madera de pino y otra de encina. Sobre la tapa se colocó una chapa con la inscripción: “José de San Martín, guerrero de la Independencia argentina; Libertador de Chile y del Perú. Nació el 25 de febrero de 1778 en Yapeyú, provincia de Corrientes, de la República Argentina; falleció el 17 de agosto de 1850, en Boulogne Sur Mer, Pas de Calais, Francia”.
El 20 de agosto, el sarcófago fue conducido a la iglesia de San Nicolás de Boulogne y luego trasladado a la catedral de Notre-Dame de Boulogne, donde fue depositado en una bóveda. El 16 de septiembre de 1878, la Comisión Central de Homenaje al general San Martín aprobó la maqueta y el presupuesto de 100.000 francos (unos 10.000 pesos de entonces) presentados por el artista francés Carrier Belleuse para la construcción del mausoleo en la Capilla de la Catedral. Se fijó como plazo máximo de entrega el 10 de marzo de 1880.
El 21 de abril de 1880, los restos del Libertador partieron desde el puerto de El Havre a bordo de la nave de la Armada Argentina Villarino. Fueron exhumados del cementerio de Brunoy días antes y trasladados en un tren especialmente acondicionado por el gobierno francés, que dispuso que una comitiva de autoridades civiles y militares y el regimiento número 119 de infantería tributara los honores correspondientes a un jefe de Estado. Los restos llegaron a Buenos Aires el 28 de mayo de 1880. El gobierno decretó feriado nacional y organizó exequias públicas comandadas por el presidente Nicolás Avellaneda y el ex presidente Domingo Faustino Sarmiento. Los restos fueron depositados en el Mausoleo de la entrada de la Catedral de Buenos Aires, inclinados y de pie, porque se había calculado mal el tamaño del féretro.
En sus últimos momentos, San Martín habría pronunciado la frase: “En el último rincón de la tierra en que me halle estaré pronto a luchar por la libertad”.